Магнитите се използват отскоро в медицината. Магнитотерапията обаче се използва за лечение и възстановяване от хилядолетия. Много от древните цивилизации са използвали лечебните свойства на магнитите.
Най-ранните данни за използването на магнитотерапията за лечение датират от 2000 г. пр. Хр. Това е китайски текст - Жълтата императорска книга по вътрешна медицина, описваща как прилагането на магнитни камъни може да коригира дисбаланса на "Ци" или живата сила. Египетски документи показват, че древните египетски лечители са използвали много от терапевтичните свойства на магнетизма. Историята за Клеопатра е добре известна на всички ни с редовното използване на магнитни бижута. Също така тя носела лента с вградени магнити около челото си, за да запази младостта си. Индийците, арабите и евреите също са използвали магнитотерапията от древни времена.
Древните гърци също са използвали магнити с терапевтична цел. Великият философ Аристотел и бащата на съвременната медицина Хипократ описват терапевтичните свойства на естествената магнитна руда. Около 200 г. пр. Хр. известният гръцки терапевт Гален открива, че естествените магнити могат да намалят болката, причинена от различни болести.
Документирани са много източници от древността, описващи лечебните свойства на магнитотерапията. Още през I в. китайски лечители започнали да описват резултатите върху здравето на човека при промяна на магнитното поле на земята, използвайки много чувствителен компас с който наблюдавали леките отклонения. Документ от неизвестен автор от 752 г., озаглавен "Рецепта за хиляда дуката" казва: "Сложете магнитен прах върху рана за намаляване на болката и спиране на кървенето". Документи от по-късен етап ни разкриват, че магнитите са били използвани за различни лечебни цели: за увеличаване силата на мускулите и костите, ставни болки, подобряване състоянието на бъбреците и лечение на очите. Около 1000 г. сл. Хр. персийски лечител документира използването на магнити за подпомагане при различни състояния като мускулни спазми и болезнени възпаления.
В началото на XVI-ти век, след многобройни положителни резултати, лекари и учени от Европа започват изучаването на магнитите и тяхното приложение за терапевтични и лечебни цели. През 1530 г. известният лечител Парацелсус документира многобройни успешни опити за лечение, използвайки магнитно поле. Парацелсус по-късно е освободен като професор по медицина в университета в Базил, заради увереността си, че религиозните догми, трябва да бъдат заместени от науката. Максимилиан Хел - йезуитски свещенник, отдава живота си в изучаването на математиката и астрономията. Той става преподавател по математика в Клаусенберг и избран за директор на имперската обсерватория във Виена през 1755 г. По това време производството на мощни магнити е започнало и те са били детайлно изследвани от високоуважаваният Хел. Той лекувал пациентите си с магнити в различни форми, отговарящи на областта от тялото, която изисква лечение. През XVIII век, лекар на име Месмер пише своята дисертация на тема "Магнетизма", която впоследствие става основополагаща за магнитотерапията в културата на запад.
Броят на изследванията на влиянието на магнитите върху човешкия организъм продължил да се увеличава, включвайки първото детайлно изследване на историята на магнитотерапията, проведено през 1777 г. от Абот Ленобъл от френското кралско общество по медицина. Той изработил и тествал различни магнити, препоръчвайки прилагането им като магнитни гривни и кръстове, прикрепяни към китката или гърдите. Ленобъл извършил 48 изследвания с използване на магнитотерапия, включително лекуване на зъбобол, ревматичен артрит, напрежение, стомашни болки, конвулсии, както и много други. Допълнителни изследвания и доклади са проведени от Ейдам през 1843, Чарот и Ренард през 1878, Уестфал и Гангии през 1878, Мюлер през 1879, Бенедикт и Дроздоз през 1879, Бенедикт през 1885 и Куинан през 1886 г.
През 50-те години на 20-ти век са извършени множество изследвания в Япония, демонстриращи колко ефективни са магнитните полета за лекуването на различни болести. Множество лекарски доклади са публикувани през този период. Магнитните огърлици и гривни се продават в Япония, Европа и Китай за освобождаване от болката във врата, раменете, гърба, както и за подобряване на кръвообращението. Много пациенти разказват за намаляване на болката при артрит и обездвижване. В интерес на истината много магнитни устройства, продавани в Япония са регистрирани в японското министерство на здравеопазването като медицински устройства. За да получат такава регистрация, устройствата трябва да преминат клинични тестове в акредитирани здравни заведения за проверка на тяхната ефективност. Повечето от японските магнитни устройства са би-полярни - като се използват както северния, така и южния полюс за лечение.